1.) Hochbahnen sind eben keine S-Bahnen, sondern eher oberirdisch fahrende U-Bahnen. Man nennt das Ganze daher auch "Stadtbahn", also all das, was in einer Stadt so ober- und unterirdisch als Straßenbahn oder U-Bahn herumfährt. Wenn Du ebenerdige Hochbahnstrecken haben willst, verwende die Straßenbahnen aus dem Network Addon Mod. S-Bahnen hingegen sind Eisenbahnen für den Nahverkehr in Städten. Zwar verkehren S-Bahnen durchaus auch innerstädtisch, aber eigentlich sind sie dafür vorgesehen, Vororte und das Umland anzubinden. Leider kennt SimCity nur Passagier- und Güterzüge, daher kann man keine separaten Fern- und Regionalzüge auf den Eisenbahngleisen fahren lassen. Wenn Du separate Hochgeschwindigkeitsstrecken bauen willst, kannst Du das "High Speed Rail Project" (HSRP) verwenden, gibt's ebenfalls zum Download. Man "opfert" dafür allerdings die Einschienenbahn, aber das dürfte für die meisten zu verschmerzen sein.
2.) So ganz ohne Einblick in Deine Stadt kann man kaum sagen, woran es liegt. Poste ggf. mal ein paar Bilder. Wenn das Wachstum in einer Stadt stagniert, helfen Nachbarstädte in der Regel auf die Sprünge.
3.) Eine Faustregel für die maximale Pendelentfernung gibt es nicht, weil die je nach Traffic-Plugin aus dem NAM unterschiedlich sein kann. Grundsätzlich empfiehlt es sich aber zumindest anfangs immer, eine einzelne Stadt mit allem zu versorgen, und Pendelverbindungen sowie den Nachbarschaftshandel später aufzubauen. Müll- und Stromhandel sind meist recht problemlos, bei Wasser sehe ich kaum einen Sinn darin, weil Wasserpumpen unauffällig zu platzieren sind und die Umgebung nicht negativ beeinflussen.